明爱屯门马登基金中学课程以创新实用为宗旨，借教育为他们提供合适的学习机会，该校课程组合灵活实用，就学生的个别兴趣，提供不同类型的科目，来迎合社会的变化及就业的需要。
该校曾金豪副校长谓，学校一直关注青少年升学及就业的需要，校方有感部分学生对主流文化学科兴趣不浓，未必能为学生的兴趣及职业取向带来启示。故此，学校透过一些具实用价值的课程，助他们找出人生目标，增加自信心，令他们在踏足社会时更为受用。
该校除了在高中开办理科、商科组课程外，又与明爱成人及高等教育服务合作开办「职业导向课程」，学校提供两组专科课程，分别为美容学基础、发型设计及酒店服务营运、基础旅游及旅游业服务，让中四学生根据本身的兴趣选择修读。
体验及认识行业实况
曾副校长谓，「职业导向课程」注重实习和考察，让学员体验及认识行业实况。该校为配合课程需要，更斥资数十万建造美容室及购置美容器材，并由明爱美容护理中心派员到学校教授美容护理课程。
该课程除教授基础美容护理技巧及知识外，还包括国内考察学习旅程，使学员透过实地考察而提高对美容院运作的认识和了解相关的法规。此外，学校又安排学生到屯门职业训练局上课学习发型设计的专业知识，务求令学生获得更全面的美容知识。
基础旅游及旅游业服务课程则为学员提供旅游业优
质客户服务的基础知识，使学员懂得及善用有关知识及技巧，学习担当导游及领队的角色，又协助学员处理日常的问题，寻求妥善的解决方法及灵活地运用沟通技巧，促进学员个人持续发展。
可衔接高级文凭课程
曾副校长谓，学生在完成此职业导向课程后，可把该课程视作一科会考及格资历。同学们可考虑修读副学士课程或其他证书课程继续进修，为升读大学铺路。
再者，学生完成美容学基础课程后，可选择继续修读由明爱美容护理中心举办的证书(CertificateinCosmetology)或文凭课程(DiplomainCosmetology)。
修读基础旅游及旅游业服务课程的学生完成课程后，则可进入旅游业的公营或私人机构担任助理或前线职位，或升读明爱的款待管理学副学士学位课程或BTEC款待学英国高级国家文凭基础课程等。
毅进创未来升学新出路
明爱屯门马登基金中学为提高青少年升学及就业机会，与岭南大学持续进修学院合办为期一年的全日制「毅进/中学协作计划」。此崭新而实用的课程专为完成中四而又从未参加中五会考的二十一岁以下的青少年而设，为学生的升学及就业铺路。课程内容理论与实习并重，学生除必修中国语文、英国语文、数学、体育、人际传意、电脑及普通话外，亦须专修旅游及酒店服务课程。
三天半上课边学边实践
此外，课程编排灵活，学校安排学生每星期在该校上课三日半，其余时间则到岭南大学上课及进行考察，这样学生既可享受中学的校园生活，又可体验大学生的学习情况。另外，为学生安排参与不同的实习和考察活动如参观香港旅游景点，可扩阔他们的视野，对他们的学习更有帮助。曾副校表示，这种知识与实践兼备的学习模式，实有助提高学生的学习兴趣，为他们创造更佳的学习空间。
课程等同会考五科合格
而学生若成功完成此课程并考取合格，将获相当于中五会考五科及格的证书。此外，在专修课程取得及格后，毕业生还可获颁授「毅进课程证书」。学生更可循副学士学位先修班、副学士学位课程从而进入学士学位课程取得大学学历。
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