巴丹吉林沙漠属于温带干旱和极干旱气候区,气候极为干旱,降水稀少,且多集中在6-8月份,年降水量仅40-80毫米,而蒸发量却是降水量的40-80倍,光照强烈,是内蒙古自治区光照最充足、太阳能资源最丰富的地区之一。夏季高温酷热,最高温度可达38-43℃,地表温度则更高,冬、春季大风强劲,是内蒙古地区风能资源最丰富的地区,一年中大风天数可达60天之多。沙丘上植物较少,仅于沙丘下部或丘间低地生长有稀疏的灌木、半灌木,沙漠中除梭梭林外主要生长有沙枣拐、沙竹、霸王、目蓼、沙蒿、怪柳、沙葱等。盖度5%左右,在沙山与湖泊间常出现有白刺沙堆。
虽然气候极为干旱,却不是人们的想象的那样没有一滴水,巴丹吉林沙漠内有着许多的湖泊。据统计,在沙漠之中、沙丘之间,分布有面积在1.5平方公里以下的沙漠湖泊140多个,多以咸水湖为主,这些湖泊最深的可达水深6米以上,在沙漠的西部和北部,还有两个较大的湖盆,西部南北走向的古鲁乃湖约180公里长,10公里宽,北部的拐子湖东西走向,约100公里长,6公里宽,湖滨地带水分涵养较好。此外,在沙漠中还有多处泉水涌出,水质清澈,甘甜可口,可供人蓄饮用。
在广阔的沙漠之中,除了漫漫的黄沙,星星点点的湖水,还有美丽的绿色,为沙漠凭添了几分生命的痕迹。在沙丘的背风处,在沙丘的底部、湖岸边、泉水旁,生长着乔木、灌木、和草本植物,湖岸边的芦苇、芨芨草等植物可供造纸,梭梭、柠条、霸王、籽蒿、胡杨、骆驼刺是优良的防风固沙树种,也是沙漠中动物的食物。沙葱是美味的菜蔬,莎草、莎米的果实可做面粉的替代品,沙枣的果实含有大量淀粉,可供多种用途,沙棘、白刺的果实富含维生素,可提取果汁、酿酒等。在沙漠之中还有多种药用植物,锁阳寄生在白刺身上,是珍贵的中药材,而肉苁蓉更有着"沙漠人参"的美称。在这环境恶劣的沙漠之中,除了绿色的植物生命外,还活跃着许许多多的沙漠动物,它们已经习惯了那里的酷热、严寒与缺水,甚至身体的颜色也变得与沙漠相近,它们是沙漠中另一道流动的风景。
丰富的动物、植物资源与大量的硅、铝、铁、钙等矿物资源使巴丹吉林沙漠不是什么"不毛之地"、"死亡之海",而是富庶的"聚宝盆",有着巨大的开发价值。
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