耶稣堡位于蒙巴萨岛的东南角。联结东西方的新航路的开辟,使国际贸易和海上运输蓬勃发展,蒙巴萨是新航路上的重要补给点和货物集散地,于是成为争夺的目标。
1589年,奥斯曼土耳其帝国派远征军占领蒙巴萨并修筑城堡。1593年,葡萄牙人攻占了蒙巴萨,并在港湾岬角处修建更大的城堡以俯视和控制港口。由于葡萄牙传教士也随着商船四处布道,这座新城堡就被命名为耶稣堡。以后200年中被围多次,易手不下10次。葡萄牙人在1729年彻底放弃此地,此后,阿拉伯人和英国人先后统治东非海岸,直到1963年肯尼亚独立。